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使用 PICkit 3 在线调试器 / 编程器系统作为调试器有两个步骤。第一步需要将应用程序烧写到目标器件 （通常使用 PICkit 3 自身）。第二步使用目标闪存器件的内部在线调试硬件来运行和测试应用程序。这两步与 MPLAB X IDE 操作直接相关： 1. 将代码烧写到目标器件并激活具体的调试功能 （详细信息请参见下一节）。 2. 使用调试器设置断点并运行。如果目标器件不能被正确编程，那么 PICkit 3 在线调试器 / 编程器将无法进行调试。图 2-6 显示了编程所要求的基本电路互连。注意这与图 2-4 相同，为清楚起见，不显示调试器的 VDD 和 VSS 线。
上图显示了 PICkit 3 在线调试器 / 编程器的一些内部接口电路的简化框图。编程时，目标器件不需要时钟，但必须为其提供电源。编程时，调试器在 VPP/MCLR 上施加编程电压，通过 PGC 发送时钟脉冲并通过 PGD 发送串行数据。要校验器件是否已被正确编程，可以向 PGC 发送时钟，并通过 PGD 读回数据，这符合开发阶段所使用器件的 ICSP 协议。
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