通过查阅xilinx芯片开发板的相关文件后基本算是解决了这个问题。在FPGA Configuration User Guide和Configuring FPGAs from SPI Serial Flash两个文档中有详细的关于flash下载的配置说明。通过阅读文档知道xilinx主要是JTAG在线调试和SPI Serial Flash两种模式,而SPI Serial Flash包含三种:Third-party programmers (off-board programming)、Indirect in-system programming (JTAG tool vendor or custom solution)和Direct in-system programming (SPI direct interface connect)。在此本人理解是,通过JTAG连接器将程序固化到flash中的是第二种间接模式,但是查看原理图发现flash芯片M25P16并没有直接与JTAG相连的引脚都是连接到FPGA芯片引脚(如图1),文档中也没有作具体解释,故本人认为这种间接模式是通过JTAG将.mcs文件通过FPGA后再传到flash中保存的。